Der Volksaufstand vom 17. Juni 1953 traf das MfS genauso unvorbereitet wie die SED-Führung. Das Spitzelnetz des drei Jahre zuvor gegründeten MfS war im Juni 1953 noch sehr löchrig. Darüber hinaus hatten die Stasi-Mitarbeiter bis dahin der Berichterstattung über Stimmungen in der Bevölkerung noch keine große Bedeutung beigemessen. Zudem hatte das MfS gerade eine Umstrukturierung hinter sich. Mit der Auflösung der Länder entstanden aus den Landsverwaltungen der Staatssicherheit Bezirksverwaltungen und Kreisdienststellen. Damit war das MfS zwar besonders gut flächendeckend aufgestellt, seine Möglichkeiten blieben jedoch zunächst begrenzt. Im Schnitt waren in einer Kreisdienststelle nur 14 Mitarbeiter tätig, wobei es im bevölkerungsärmeren Norden in der Regel weniger, im bevölkerungsreichen Süden mehr Mitarbeiter waren.
So gewann das MfS am 17. Juni nur langsam einen Überblick über die Ereignisse. Erst im Verlauf des Tages erkannte Stasi-Chef Wilhelm Zaisser den Ernst der Lage. "Wir" oder "Sie" lautete seine Analyse. Eine klare Handlungsstrategie entwickelte das MfS nicht. Die Bezirks- und Kreisverwaltungen blieben ohne konkrete Anweisungen. In der Provinz konnten sich manche Stasi-Dienststellen im Verlaufe des Aufstands nur auf die Sicherung ihrer Dienstobjekte beschränken. Es gelang den Aufständischen, fünf Kreisdienststellen zu stürmen. In anderen Orten konnten MfS-Einheiten zusammen mit der Volkspolizei Gebäude erfolgreich verteidigen, wie das "Haus der Ministerien" in der Ost-Berliner Leipziger Straße. MfS-Mitarbeiter schüchterten sogar in einigen Betrieben erfolgreich die Belegschaft ein. Insgesamt drohte jedoch auch das MfS am 17. Juni die Kontrolle vollständig zu verlieren.

Kundgebung am 26. Juni 1953 am Haus der Ministerien in der Leipziger Strasse in Berlin, von links nach rechts: Wilhelm Zaisser, Walter Ulbricht, Otto Grotewohl
Quelle: Bundesarchiv / Horst Sturm / Bild 183-20115-0006